Os residentes em saúde compõem uma considerável força de trabalho disponível para os serviços nos quais estão inseridos. Devido à pandemia, os residentes de Odontologia viram-se obrigados a adequar suas práticas ao novo contexto. Assim, o presente estudo objetiva identificar as modificações nas condições de trabalho e quais práticas de biossegurança foram adotadas pelos residentes de Odontologia do Sul do Brasil no período da pandemia de COVID-19. Trata-se de um estudo exploratório descritivo, com abordagem quantitativa, decorrente de uma pesquisa multicêntrica realizada nos três estados da região Sul. A coleta de dados foi realizada através de questionário on-line aplicado entre os meses de agosto e outubro de 2020 e resultou em uma amostra de conveniência de 59 residentes de odontologia, sendo 42 do Paraná, 07 de Santa Catarina e 10 do Rio Grande do Sul. A maior parte da amostra é composta por profissionais do sexo feminino, com faixa etária entre 25 e 39 anos e até 5 anos de formado. Todos os participantes tiveram acesso a alguma diretriz de prevenção e controle da COVID-19 e a maioria não foi afastada das suas atividades profissionais durante a pandemia. Além disso, grande parte dos residentes consideraram ter recebido capacitação relacionada ao trabalho durante a pandemia e puderam aplicar os conhecimentos adquiridos para modificar suas práticas. Entretanto, a ansiedade e a preocupação para trabalhar nesse novo contexto foi relatada por mais da metade dos participantes. Medidas de organização do serviço de saúde como a suspensão dos atendimentos eletivos e priorização dos casos de urgência, a rotatividade dos profissionais para minimizar os riscos de contaminação e o questionamento prévio ao agendamento de pacientes sobre sintomas respiratórios foram respondidas como sempre adotadas pela maioria dos residentes. Por outro lado, o uso de recursos de telessaúde e a participação na tomada de decisões ainda ficou aquém do potencial desses profissionais. Os residentes apresentaram bom conhecimento das principais recomendações de biossegurança para atuação clínica em meio a COVID-19 e afirmaram sempre ou quase sempre terem disponíveis e usarem os equipamentos de proteção individual recomendados, apesar de máscaras N95/PFF2 e aventais impermeáveis estarem entre os itens menos disponíveis. Os resultados da pesquisa evidenciam que os residentes de Odontologia da região Sul estavam de acordo com as normas de biossegurança vigentes e tiveram acesso a normativas balizadoras da conduta profissional em saúde bucal no contexto da pandemia, apesar de ainda haver lacunas na participação e envolvimento destes em processos decisórios e no acolhimento de suas angústias profissionais. Palavras-chave: Residência em Odontologia; COVID-19; Biossegurança; Padrões de Prática Odontológica.